如果項目金額超過50,000元，企業需要進行審計。根據政府要求，所有獲得科技券資助的企業都需要進行項目審計，以確保其所提交的資料和報告真實、準確、完整。審計報告需要由註冊會計師或註冊審計師進行，並且需要提交給政府，以作為企業申請資助的重要文件之一。

審計報告的主要內容包括對項目申請書、申請表格、發票、收據、合同、付款紀錄、技術報告等文件的核對和驗證，以確認所有報告和數據的真實性和可靠性。企業需要保留所有與項目相關的文件和資料，以便日後的稽核和查核。